Kurze Zeit später folgte die Rückkehr nach Wien, wo er sich einen Namen mit seinen Schriften, Editionen und lateinischen Dichtungen machte.

Ab 1512 war Vadian Inhaber des Lehrstuhls für Poetik an der Wiener Universität.

Noch im gleichen Jahr begann er neben seinen vielfältigen Tätigkeiten auch ein Medizinstudium.

1513 reiste er in die ungarische Residenzstadt Ofen (Buda). Von dort brachte er wertvolle Manuskripte nach Wien.