Vadian förderte die Bemühungen des Theologen Johannes Keßler, der ab Januar 1524 private Bibelauslegungen im reformatorischen Sinne abhielt. Keßler wurde der wichtigste Mitarbeiter Vadians bei der Umsetzung der Reformation geworden.
Zuerst mußte Keßler diese auf Druck der Eidgenössischen Tagsatzung im August 1524 wieder aussetzen. Doch schon im Oktober konnte er sie wieder aufnehmen.
Ab Februar 1525 wurden die Bibelauslegungen des Theologen Keßler aufgrund des großen Erfolges in der St. Laurenzenkirche gehalten.
1525 Konflikte mit den Täufern und anderen radikalen Anhängern der Reformation
Anfang 1525 gab es auch in St. Gallen große Konflikte mit den Täufern.
Vadians eigener Schwager, der Zürcher Täuferführer Konrad Grebel, kam Palmsonntag (Palmarum) 1525 nach St. Gallen und taufte seine Anhänger in der Sitter.
Vadian ruft zur Mäßigung auf
Doch Vadian schützte die Nonnen des Klosters St. Leonhard vor Übergriffen des Täufers und anderer radikalen Anhänger der Reformation und sorgte für die Bevogtung durch den Stadtrat.
Umgestaltung der Kirche nach Zürcher Vorbild
Als Gegenpol zu den Täufern begann er an der Spitze der Zensurkommission für schriftgemäße Predigt, die Umgestaltung der kirchlichen Verhältnisse nach Zürcher Vorbild.